Modele portail

Flux schématique des données dans le portail des modèles protéiques. Les méta-informations sur les modèles disponibles, c`est-à-dire la protéine cible, la structure du modèle et l`identité de la séquence, sont extraites de chaque ressource partenaire. La base de données UniProt est utilisée pour générer un système de référence basé sur les sommes de hachage cryptographiques MD5 des séquences primaires complètes. Des indices interrogeables sont générés pour toutes les protéines avec des informations de modèle, permettant des requêtes basées sur le code d`adhésion, la correspondance des fragments de séquence d`acides aminés et les recherches de similarité de séquence. Le portail communique avec toutes les ressources du partenaire et la base de connaissances en génomique structurelle de l`ISP via les services Web. Les coordonnées tridimensionnelles d`un modèle, ainsi que les informations d`annotation fonctionnelles d`UniProt et d`InterPro sont récupérées dynamiquement en temps réel lorsque nécessaire pour générer la page Web les portails permettent aux utilisateurs d`accéder à une pléthore d`informations grâce à un haut interface personnalisable. Pour chaque structure déterminée par les centres PSI, des centaines de modèles peuvent être dérivées en utilisant une variété de méthodes établies. Cela a été fait par tous les centres de PSI (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM), et par divers groupes de modélisation indépendants (par exemple ModBase, SWISS-MODEL Repository). Le portail de modèle de protéine fournit une interface unique pour interroger simultanément les modèles précalculés existants sur différents sites, donne accès aux services interactifs pour la sélection de modèle, l`alignement de modèle de cible, la construction de modèle, et l`évaluation de qualité. Un «atelier sur les applications des modèles protéiques dans la recherche biomédicale» s`est tenu à San Francisco en juillet 2008, où les modélisateurs de structures protéiques ont exploré comment les modèles sont utilisés dans la recherche biomédicale, et quelles exigences et défis existent pour les différents Applications. Le programme de l`atelier a impliqué une première journée de 16 présentations sur des sujets allant de la couverture de l`espace de la structure des séquences protéiques aux usages de la modélisation en médecine. Le deuxième jour, quatre groupes de discussion indépendants ont abordé les questions ouvertes.

Les participants ont discuté de l`état de l`art dans l`application de la modélisation moléculaire aux problèmes biomédicaux, les exigences et les défis pour diverses applications, ainsi que des moyens de renforcer la collaboration entre la modélisation et les communautés expérimentales. Le PMP a été reconnu comme un moyen important pour augmenter l`impact de la modélisation moléculaire sur la biologie et la médecine, et des recommandations spécifiques pour le développement ultérieur du PMP ont été faites. Les résultats de l`atelier seront mis à la disposition de la Communauté sous la forme d`un livre blanc. Référence: Haas J., Roth S., Arnold K., Kiefer F., Schmidt T., Bordoli L.